水溶性肥料不但种类多样而且施用方法灵活，一般有三种方式。滴灌、喷灌和无土栽培。
在一些极度缺水地区、规模化种植的大农场以及在高品质高附加值经济作物上，人们往往用滴灌、喷灌和无土栽培技术来节约灌溉水并提高劳动生产效率。在灌溉的时候，肥料已经溶解在水中，浇水的同时也是施肥的过程，即水肥一体化。这时植物所需要的营养可以通过水溶性肥料来获得，既节约了用水，节省了肥料，又提高了劳动效率。
1、土壤浇灌
通过土壤浇水或者灌溉的时候，先行混合在灌溉水中，这样可以让植物根部全面地接触到肥料，通过根的呼吸作用把化学营养元素运输到植株的各个组织中。
2、叶面施肥
把水溶性肥料先行稀释溶解于水中进行叶面喷施，或者与非碱性农药一起溶于水中进行叶面喷施，通过叶面气孔进入植株内部。对于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出现缺素症状时是一个佳纠正缺素症的选择，极大地提高了肥料吸收利用效率，节约地植物营养元素在植物内部的运输过程。
3、水溶肥施用注意事项
少量多次是合理施用水溶性肥料的重要原则。少量多次施肥符合植物根系不间断吸收养分的特点，还可减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。
4、肥料要现配现用
肥料一定要现配现用，特别是在水质不好的情况下，防止肥料成分与水中物质产生反应。
5、挑选恰当的施肥时间
在晴天温度高的情况下，施肥应该选在早上十点之前，下午四点以后，避免在阳光强射下施肥；要避免雨天施肥，尤其是叶面喷施，避免肥料流失。
6、滴灌施用水溶肥时，先滴清水
滴灌施用水溶肥时，先滴清水。等管道充满水后开始施肥。施肥结束后立刻滴清水20~30分钟，将管道中残留的肥液全部排出。如不洗管，可能会在滴头处生长青苔、藻类等或微生物，堵塞滴头。
7、混配时要注意酸碱度及是否产生凝絮
在与农药混配举行灌根或叶面喷施时，要避免酸性肥与碱性农药混配、碱性肥与酸性农药混配，同时更要注意混合时是否有凝絮现象产生，如有凝絮产生，则禁止混合使用。
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冲施、灌根：用水稀释倍数200-300倍，灌于作物根系附近或栽植沟内。
滴灌、喷灌：用水稀释500-800倍液，喷施以叶面产生水雾不流水为好，若喷施后4小时遇雨水，一个重新补喷。